这一段时期，东北农学院经历了“教育大革命”、“反右派”斗争、大跃进和高教六十条的动荡，教学和科研工作断断续续，形势曲折，但也在不断前进。
在经过反右派斗争中后，党的八大二次会议提出了社会主义建设路线并发动大跃进，在学校就兴起了大办工厂，以厂养校，大办农场，万亩万斤，基础兽医学的解剖组织部分办了切片厂，制造了大量家畜组织切片，解决了教学之需，也办了正丁醇车间，用玉米生产正丁醇。药理组办起了兽药厂。教育大革命就是要结合生产实际，下放劳动，教师参加农业劳动大炼钢铁，基本上没有上下班，有时干到半夜，这样干了两三年，到1959年全国召开教育工作会议，又提出以教学为主，正确对待理论知识，发挥教师的主导作用，到本年中期，学校结束了下放劳动，回到学校，准备下学期开学工作。但10月份学校仍然继续反右倾，鼓干劲，全校师生继续投入秋收劳动。
1960年初，在鼓足干劲、力争上游的口号下，又兴起了插红旗、树标兵活动，大搞支援农业四化运动，6月份在大搞“双革”运动中，完成了多项科研工作和技术革新项目。大跃进的结果，在5个老专业的基础上，增加了21个，新专业中有动物生化，师资由在校学生中抽调。
这个阶段进行的教学改革，制订了“教育革命新方案”，其中包括加强思想教育、加强劳动教育、主张一专多能、参加双革运动、合并部分课程、打破基础—〉专业基础—＞专业课框框，一年级上专业课、强调现场教学、学生要掌握两门外语，一门四会，一门能阅读等等。此时的工作仍然是教学工作为运动让路。
1958年5月，以大鸣大放的形式，在教师中开展了红专大辩论，批判只专不红走白专道路，接着又搞批判资产阶级教育路线，拔白旗，在1958年末到1959年初一个多月，对一部分中、老年教师进行批判，全校共22人。在庐山会议后，又在全党进行了“反右倾”斗争，东北农学院批判了创建学院的两位主要领导人，并下放工厂和农场劳动。在1960年中期，又提出了“高举毛泽东思想红旗，高速度发展农业教育，为建设共产主义农学院而奋勇前进”口号。与全省各兄弟院校和单位开办训练班，培训师资，办广播农业大学和建4个分院。
在三年的大跃进中，在领导方法上虽然有违党的实事求是的传统，但是，广大师生还是响应号召，发挥了主动性和创造性，大搞丰产田和土法炼钢，在工农业生产、技术革新和科学研究方面，做出了不少成绩，1960年4月农业部在东北农学院召开了全国高等农业院校教学改革经验交流会。
在这一时期，面向全省和全国的业余教育有了很大发展，面向全省的广播农业大学，有学员3万人，全省建立了40个函授辅导站，为全国办了三个师资培训班，共培养了945名师资和在职农业干部。
三年中，虽然教学秩序不够正常，但科学研究却广泛铺开，充分发挥了教师的积极性，但由于缺乏资助，仍然只能做些密切结合生产的实验，又正赶上三年自然灾害，所以，经济生活也都严重困难，但师生们咬紧牙关，节衣缩食，搞好教学科研工作，毫无怨言，还想方设法提高教学质量。
1962年初，党中央总结大跃进中的经验教训，学校党委也为在反右倾中受批判领导平反，恢复原职，刘德本任院长兼党委书记，邹宝骧任副书记和院长助理，学校恢复了以教学为主的工作秩序，也为拔白旗受到牵连的教师恢复名誉和工作。1962年3月党委讨论了教师职务晋升问题，经院务委员会讨论通过7名讲师晋升为副教授，解剖、动物组各1名。
1961年1月，党中央召开了八届九中全会，制订了“调整、巩固、充实、提高”的八字方针，开始纠正大跃进中的一些错误。2月份，党委提出以教学为主，把提高教学质量摆在第一位，提出办好大学本科，科学研究生产劳动为从，骨干教师上教学第一线，编好教材。4月份向农业部推荐80多位教师参编教材，并向农业部推荐13种教材作为全国统一教材。在以教学为主，把提高教学质量摆在第一位的原则下，6月份修订了各专业的教学计划，将培养目标规定为“具有深广理论基础，掌握现代科学知识生产技能，能独立从事科研的高级建设人材”，增加了课程门类和学时，恢复了所有教学环节，加强了系和教研组的作用，号召老教师要搞科研，要写书。
1961年10月《高教六十条》下达，12月学院学习讨论研究如何贯彻。1962年进行了专业调整，进一步修订教学计划，加强了面对面教学，加强学生平时成绩考查。对各级教师提出了业务水平的要求，制定个人提高计划。要求青年教师5年过教学关，10年过科研关。
1959年学院党委对科研方针是，学校应实行教学、科研、生产三结合，但以教学为主；高等学校的科学研究，不能仅仅一般地解决当前生产问题，还应着重于理论分析研究，1959年9月，举办了校庆十周年教学科研报告会，会上宣读了20篇论文，有《哈尔滨白猪的研究》，《仔猪白肌病的研究》等。
1958年兽医楼建成，大部分学科均迁入兽医楼，解剖组织胚胎学科由化学馆迁入兽医楼一楼。1960年又迁到按要求设计的牧医楼。当时牧医楼主要是解剖组织胚胎组和生理组。解剖组在一楼建成两个学生实验室和两个标本陈列室，一个贮藏室一个标本制作室，在二楼设有组织切片制作室。实验台、标本陈列架、移动天车基本齐全。从1956年以后，进口了大批当时东德出品的学生用显微镜、高倍显微镜、显微照相机、相差显微镜、手摇切片机、contax高级相机、日本投影显微镜、蔡司幻灯源等高级设备，大大地改善了当时的教学科研工作条件。学生用的标本、切片有专人制作。因此，这四年多来虽然教学科研工作受到些干扰，但教师的干劲却有增无减，直到1965年，可谓前进较快的八年。解剖组在极其艰难的环境下，对仔猪、成年猪的某些不清的结构，进行了研究，前写成专著《猪的解剖》，于1965年由科学出版社出版。组胚组主要结合养禽组的孵化工作，搞了山东寿光大骨鸡和北京鸭的整个胚胎以育研究，从孵化开始直到出壳，研究其器官质和量的发育，工作量极大，研究结果写成大骨鸡的胚胎发育，1962年发表于畜牧兽医学报；变温孵化对北京鸭胚胎发育的影响，1966年发表于畜牧兽医学报；北京鸭的胚胎以育，1964年在东北农学院报发表，随着科研工作的进展，有数人参加了全国的学科教材编写，如张立教参加了全国教材家畜解剖学的编写，秦鹏春参加了家畜组织学与胚胎学教材的编写，张心田参加了家畜解剖组织胚胎学全国教材的编写。生理教研室的科学研究有谭贵厚1963年家禽气体代谢的研究。生化教研室，这个时期与生理组有分有合，生化组的科研主要是传贫马血浆蛋白质的研究，由张素琴和翟全志负责发表于1964东北农学院学报。张素琴主编了《生物化学讲义》，翟全志、姚庭香编写了《生物化学实验指导》，在这一阶段病理组的科研有：猪伪狂犬病病理学研究，参加人有曲鸿章、孙宗禹，论文发表于1960年东北农学院学报；鸡新城疫诊断报告，参加人员为孙宗禹、曲鸿章、刘哲仁，论文发表于东北农学院学报1962年；乳牛麦芽根中毒病理形态学观察，曲鸿章等人参与，论文发表于东北农学院学报1963年；马传贫临床恢复期病理形态学研究，滕国林、曲鸿章等参加，论文发表于东北农学院学报1964年。兽医药理组，1960年后李涛调入，开展的科学研究有儿茶酚胺在马体内浓度变化规律研究和绵羊药物脱毛与毒理学研究，发表了不少论文。
1963年到1965年虽然在贯彻六十条，以教学为主开展科学研究，各方面都取得了一些成就，但同时又在农村和部分城市开展了社会主义教育运动，提出了运动的重点是整党内走资本主义道路的当权派，对一些文艺、学术界的代表人物也进行了批判，毛泽东同志在1964年2月13日即春节，在座谈会上就学制、课程、考试方法做了讲话。其后，又做了“七..三指示”要求砍掉学生活动的三分之一，加上林彪的“政治可以冲击一切”于是“突出政治”“贯彻少而精原则”，合并课程，削减总学时，增加实践教学环节又一次到来，同时，学毛著和大学解放军高潮兴起，教学秩序又受到冲击，于1964和1965年分批到农村参加“四清”运动，参加“两斗”活动后，学生才返校，为文化大革命的进行，开展了前奏。
