在党和政府的领导和大力支持下，东北农学院建校以来迅速发展壮大，到五十年代中期，学校规模和学术水平等方面都已处于国内高等农业院校的先进之列，成为国内条件较好、基础较强的、仅有的几个具有五年制专业的农业学校之一。毕业生分配到全国各地，，培养了大量德才兼备的农业技术干部，为发展我国的国民经济和科学技术事业做出了应有的贡献。可是，一个大好的东北农学院，在十年浩劫中，遭到严重的毁灭性破坏，被迫迁往农村，长期停止招生，原校舍被占，仪器设备损失殆尽。
粉碎“四人帮”之后，落实各项党对知识分子的政策，1978年5月，党委和校领导向黑龙江省委和国家农林部正式申请浅灰哈尔滨市办学。当月农林部复函表示同意，并致函黑龙江省委。经多方努力，12月12日省委决定，东北农学院暂借省农干校部分校舍解决1977年新生入学问题。12月27日省委领导正式通知东北农学院迁回哈尔滨。回哈办学是农学院也是兽医系中兴历史的新起点。
1979年开始回哈时，是借用省农干校的房子。1980年部分学生宿舍（1号楼和2号楼）和部分家属宿舍（1号楼和2号楼）竣工，我系于1980年6月搬入学生宿舍2号楼。1981年兽医院竣工交付使用。1984年12月畜牧兽医楼竣工，我们于1985年夏搬入畜牧兽医楼，办学的基础条件有了进一步改善。
为了畜牧兽医事业的快速发展，经学校申请，省文教办于1983年1月11日 发文同意 我校畜牧兽医系分为畜牧和兽医两个系，从此兽医系踏上立发展壮大和稳步提高的新征程。
在这一阶段中， 随着校舍建设的增加，招生数量有所增多，学校规模有所扩大，研究生教育也有了较快的发展。1978年我系招收硕士生2人，1981年3人，1982年5人，1983年10人，1984年9人，1985年16人，1986年达17人，到1987年我系的硕士授权点8个（解剖组胚、药理、病理、传染病、寄生虫、内科、外科、产科），博士授予权点4个（解剖组胚、病理、内科、外科 ），当时具有博士生导师5人（秦鹏春、刘忠贵、史言、汪世昌、王云鹤）占全校博士生导师的33.6% （5/14），办学层次不断提高 ，学术影响不断扩大。
进行教学改革，修订教学计划也是这个阶段的中心工作之一。1984年和1986年，曾两次修订本科生教学计划。通过修订教学计划，不同程度的克服了旧的教育思想，根据所培养人才的层次不同，提出不同的培养目标。为了减轻学生负担，提高学生动手能力，压缩了总学时，从原来的2800~3000学时减少到2600学时，增加了教学实习、生产实习及毕业设计等的时间，实践性教学环节普遍提高。与此同时减少了必修课，增加了选修课，选修课的学时数，一般达到总学时的15%左右。
1983年，领导体制有所变化，从过去的党委全面领导改为党委领导下的院长分工负责制。系的领导体制也有了较大改变，实行院长领导下的系主任负责制，系党总支对行政工作由过去的全面领导改为保证监督。
1990年1月，国家教委批准，我系动物解剖学、组织学与胚胎学为国家重点学科。
东北农学院1989年确定的学科带头人与学术骨干（与兽医系有关部分）
东北农学院15个受检专业研究生的指导力量和学术梯队情况
东北农学院受检15个专业硕士学位研究生招生、毕业及授予学位基本情况表
1993年12月27日我系刘宝全、王林安二位教授被国务院学位委员会批准为第五批博士生导师。
有根据省教委“黑龙江教委发（1996）168号”文件，经省教委遴选博士生导师评选委员会审核确定的27位博士生导师中，我校有8人：王洪斌、周志勇、李庆章……。
摘自《1996东北农业大学年鉴》第256~257页
针对文革动荡造成师资流失等情况，自1980年起学校制定了师资队伍建设计划并公布实施。当时主要任务是，补上文革造成的缺陷，加强教师的理论基础，提高外语水平，掌握专业（学科）的现代技术和实验手段，缩短与国内先进院校的差距。1982年又制定了师资工作纲要，决定1982~1985年主要是学科带头人及学术骨干的重点培养，推动中老年教师开出选修课和研究生课，选留研究生补充师资队伍，开辟助教报考在职研究生的提高途径，举办教师出国外语培训班。1984年学校又制定了1985~1990年师资队伍培训规划，利用世界银行贷款及教育部、农业部及省的培训计划，选派优秀中青年教师出国进修，攻读学位或者考察、访问、或聘请外籍专家教师来校讲学。
1988年8月，国家教委批准我院教师职务评审委员会员有权审定农学、畜牧、兽医、农业工程四个学科的教授任职资格。
史 言 徐忠宝 王云鹤 李树滋 郑昌乐 孙宗禹 刘宝全 腾国林 刘忠贵 周源昌 李 涛 田宝丰
石发庆 王书林 康世良 韩永达 王林安 刘桂茹 胡春山 刘文周 李昌仁 刘哲仁 师守信 张恒轩 李云龙、徐守魁、王裕卿、郑建咸、王振隆、康茂琴、佟恒敏、翟全志、范明普
摘自《东北农学院1989年志》89～90页，《东北农学院1990年志》186～187页，《东北农学院1988年志》189～196页
1988年，院学术委员会：王文超、史言、张立教、汪世昌、周源昌、秦鹏春、焦殿鹏
1989年，院学术委员会：王文超、史言、张立教、汪世昌、周源昌、秦鹏春、焦殿鹏
1990年，院学术委员会：王文超、王云鹤、史言、刘文周、刘忠贵、李涛、周源昌
1991年，院学术委员会：王文超、王云鹤、史言、刘文周、刘忠贵、李涛、周源昌
1992年，院学术委员会：王文超、王云鹤、史言、刘文周、刘忠贵、李涛、周源昌
1993年，院学术委员会：王文超、王云鹤、史言、刘文周、刘忠贵、李涛、周源昌
1996年，校学术委员会：刘文周、王云鹤、田文儒、李庆章、刘忠贵、周志勇
委员：王云鹤、史言、刘宝全、孙宗禹、李涛、周源昌、滕国林
根据《东北农学院1990、1991、1992、1993年年志》
选派人员出国进修也是一项重要的提高师资队伍，改善办学力量， 与世界先进国家接轨的一个重要步骤。尽管这一时期，人手不足，青黄不接，但学校还是根据事业发展的需要先后派出不少中青年教师出国深造。这些同志有相当一部分按期回国，在教学与科学研究中发挥了重要作用。有些同志工作或定居在国外，但心系祖国，经常关心和支持学校的建设事业。
生物化学：方日勋（加拿大）、王任峰（美国）、李庆章（美国）
微生物学：宣世伟（日本）、王君伟（德国）、李一经（加拿大）、张桂红（美国）、贾永清（美国）
寄生虫学：周源昌（美国）、肖立华（美国）、杨春富（美国）
在1988年，东北农学院工作计划要点以及当时党委书记兼院长王文超同志的讲话中，明确提出深化教育改革的意见，提出解放思想，大胆创新，以有利于发展生产力为标准，全面提高教学质量和科研水平；加强学校与社会的联系，调动教师的积极性，大力开展有偿科技服务，迅速把科学技术转变为生产力，同时增加收入，不断改善办学和职工生活条件。
学校明确提出，根据需要和可能，确定以本科教育为主，巩固提高研究生教育，适当发展专科生教育，积极发展函授教育和非学历教育，逐步形成一个多层次、多种规格、多种形式的办学体制。
与此同时，学校还对教学管理工作，师资队伍建设和加强教材建设工作等提出要求。
这一时期，教材建设是教学工作的一个重要方面，我系很大一部分教师参与了教育部组织的全国统编教材的编写工作。由我系教师担任主编的有史言教授主编，王书林、石发庆参编的《临床诊断学基础》和《兽医临床诊断学》；汪世昌教授主编，王云鹤等参编的《家畜外科学》等。
此外，许多全国统编教材由我系教师担任副主编或参编，其中包括秦鹏春教授担任副主编，由北京农业大学主编的《家畜组织学和胚胎学》，周源昌教授任副主编，北农大主编的《家畜寄生虫和寄生虫病学》，徐忠宝参加编写的《家畜内科学》（西北农学院主编）；张立教教授参加编写的《家畜解剖学》（郭和以主编）；李涛参加编写的《兽医药理学》（华南农学院主编）；刘宝全参加编写的《兽医免疫学》（南京农学院主编）；段英超参加编写的《家畜解剖学技术》（林辉主编）；张心田参加编写的马仲华主编的《家畜解剖组织胚胎学》；田宝丰参加编写的于船主编的《中兽医学》（上下册）；徐青春参加编写的山西农学院主编的《兽医学》；谭贵厚参加编写的南京农学院主编的《家畜生理学》，焦殿鹏参加编写的南京农学院主编的《家畜传染病学》；曲鸿章参加编写的内蒙古农牧学院主编的《家畜病理学》等等。
与此同时，这一时期，学校鼓励教师自编教材，1979年至1987年，东农教师自编教材97种，学校认为比较成熟的52种，其中包括我系编写的《兽医免疫学》（刘宝全），《家畜病理生理学》（刘忠贵），《药用拉丁语》（王振隆）等。
1996年，由国家教委及农业部主持的面向21世纪高等农业教育教学内容和课程体系改革拉开了序幕，其中由时任我校校长的刘文周教授主持的研究课题：“高等农林院校动物医学类本科人才培养方案及教学内容和课程体系改革的研究与实践”在众多高校的申请中脱颖而出获得中标，
我校是牵头组织单位，其他主持单位有：南京农大、甘肃农大和西北农大。整个研究持续数年，在农业高等院校中有较大影响。
高等农林教育面向21世纪教学内容和课程体系改革计划第一批、第二批立项项目及中选项目一览表
打“※”号的为该项目的牵头主持单位
（二）有关系院行政领导人
1、据原系主任周源昌教授回忆，在1980年时为畜牧兽医系， 系主任为薛德衍，副主任为周源昌。
2、1983～1988年，兽医系主任为周源昌，副主任刘忠贵。
3、据《东北农学院1988年志》，1988年3月28日，任命刘文周为兽医系主任，副主任为刘忠贵和徐守魁，徐守魁的任命时间为1988年4月25日。
4、据《东北农学院1989年志》，1989年，兽医系主任 刘忠贵，副主任 徐守魁、曾庆恒
5、据《东北农学院1990年志》，1990年，兽医系主任 刘忠贵，副主任 李庆章、徐守魁、刘溯一。
6、据《东北农学院1991年志和1992年志》，1991～1992年，兽医系主任 李庆章，副主任 李昌仁、徐守魁。
7、据《东北农学院1993年志》，1993年，兽医系主任 李庆章，副主任 李昌仁、田文儒、孙宪忠。
8、根据《东北农业大学年鉴》，兽医系主任 周志勇，副主任 刘溯一、魏萍
9、根据1988～1996年东北农学院年志和东北农业大学年鉴，东北农业大学畜禽疫病研究所所长为周源昌，副所长为刘忠贵
任命：孙宪忠同志为东北农业大学兽药厂厂长，并为该厂的法定代表人
1、据《东北农学院1988年志》，中共兽医系总支书记 田宝丰，副书记 曾庆恒。
2、据《东北农学院1989年志》，中共兽医系总支书记 田宝丰，副书记 曾庆恒（兼至10月）。
3、据《东北农学院1990年志》，中共兽医系总支书记 田宝丰，副书记 刘溯一（兼）
4、据《东北农学院1991年志》、《东北农学院1992年志》及《东北农学院1993年志》，中共兽医系总支书记 翟全志，副书记 牛玉珍
5、
6、
7、据《东北农业大学年鉴1996》，中共兽医系党支书记 卢广忠
中共东北农学院委员会关于对兽医、植保……党总支选举结果的批复
根据你单位党员大会的选举结果，经院党委1992年9月25日会议讨论同意：
现将全院各教研室正副主任的任命如下（有关兽医的部分）：
根据东农（教）字【1989】第10号通知精神，现将调整后的教研室、实验室及各主任和副主任公布如下：
传染病、微生物教研室 主任：刘宝全 副主任：林宗禹
药理、中兽医教研室 主任：李涛 副主任：田宝丰（兼）
传染病、微生物实验室 主任：刘哲仁 副主任：师守信
病理、寄生虫实验室 主任：王裕卿 副主任：张恒轩 郑世民
为了适应发展社会主义市场经济的需要，增强学校的吸引力，经1993年第三次院务会议决定，并请示省教委批准：原畜牧系和兽医系及其专业分别更名为动物科学系（专业）和动物医学系(专业)，并启用新的印签，统一院长办公室制度。
你单位“关于组建东北农业大学兽药厂的请示”已阅，经研究同意你单位组建兽药厂，批复如下：
4、 批准该企业的章程，该厂的法定代表人根据企业章程规定的程序产生。
5、 该厂的注册资金数额为30万，其中固定资金20万，流动资金10万。
6、 该厂主要从事兽用药物的技术开发，生产和销售。
准你单位抓紧筹建工作，并按规定到各主管部门办理有关手续。
摘自1988～1996东北农学院（东北农业大学）年至或年鉴
哈尔滨市教书育人先进个人：郑昌乐、秦鹏春（1988）李昌仁（1990）
王林安、王云鹤、李树滋、刘桂茹、王洪斌（1992）
秦鹏春（1988）、杨丽萍（1988）、周源昌（1989）、李庆章（1991）、牛玉珍（1992）
佟恒敏（1988）、叶兴华（1988）、李庆章（1989）、秦鹏春（1989）、王书林（1989、1990）、翟全志（1990）、李一经（1990、1991）、张秀英（1990）、孙宪忠（1991）、刘溯一（1991）
郑世民（1991）、康世良（1992）、徐世文（1992）
郑昌乐（1988，一等奖）、秦鹏春（1988，一等奖）、翟全志（1988）、 周志勇（1988）、 李昌仁（1989、1991）、郑世民（1989、1992、1996）、 贾永清（1993）
郑庆顺（1992）、牛玉珍（1993）、王燕（1996）
兽医系基础党支部（1990、1991、1992、1993、）
周源昌（1988、1992）、秦鹏春（1988）、翟全志（1990、1991）、郑世民（1993）、杨丽萍（1996）、刘宝全（1996）
张恒轩（1990、1991）、叶兴华（1990、1992）、王 伟（1990、1991、1992）、梁建广（1990、1992）、王 燕（1990）、杨丽萍（1991）、侯振中（1991）、郭贵强（1991、1992）、魏 萍（1992）
刘文周（1989）、刘溯一（1990）、张恒轩（1992、1993）、郑昌乐（1992、1993）、刘哲人（1992、1993）、、、周志勇（1992）、高 利（1992）
王云鹤、刘忠贵、冯新畅、梁建广、杨贵军、张桂红、杨丽萍
