动物药学系始建于2005年，2005-2010年为动物药学早期教学和科研起步阶段，2010-2020年为系发展阶段。现有专任教师8人，其中教授1人、副教授4人、高级实验师1人、讲师3人，博士生导师1人、硕士生导师7人。

经过十几年的建设与发展，于2019年开始招收动物药学硕士研究生，实现本科教育、研究生教育多层次发展的新局面。在2020-2021年，学校对动物药学专业系及科研实验室进行升级改造，购置新仪器设备。目前动物药学系有科研面积200平方米，本科教学实验室面积70平方米，另配有两间教师休息室及研究生休息室，为系的快速发展奠定基础。

目前系主要承担动物药学本科专业的《兽医药物分析》 、《药用植物学与生药学》及《药剂学》、《药物化学》和《天然药物化学》必修课的理论、实验及实习教学工作，承担《中药炮制学》、《体内药物分析》、《生物药剂学与药代动力学》、《中药药物分析学》、《波普解析》的选修课教学内容，同时还承担动物药学硕士相关主干课程的教学工作。2006年《动物药物分析》成功申报省级教改示范课题，2009年成功申报《动物药物分析》校级精品品课程，并有1人在第七届全国兽医专业硕士学位论文评比中获得优秀，相继进行《兽医药物分析》 、《药用植物学与生药学》等专业课程思政建设。在教材建设上，主编农业部十二五规划教材一部、参编农业部十三五规划教材一部及主编校级教材三部。在教学课题上，主持黑龙江省高等教育研究十二五规划等多项课题，其中黑龙江高等教育学会“动物医学专业-药物分析实施性教学计划的设计与实践”获得优秀奖，发表教学论文十余篇，相关教师分别在校级、学院级各项教学大奖赛、教案及讲稿评比中，多次获奖，并获得第五届黑龙江省高校党支部书记素质能力大赛二等奖。

动物药学系基于目前兽医临床细菌的耐药性问题，开展耐药机制、新剂型及新型中兽药的相关研发工作，坚持基础研究与生产实践相结合，先后主持国家生猪产业技术体系课题1项，国家科技支撑项目子课题 6项、国家自然基金项目6项、黑龙江省重点研发计划、黑龙江省优秀青年基金等省市项目20余项，现发表论文100余篇，其中SCI论文40余篇，中科院二区及以上论文27篇，国家专利6项，国际专利9项，培养硕士研究生及博士研究生50余人，培养博士研究生一人获得2023年度青年兽医拔尖人才项目。